Los seminarios surgieron oficialmente en la Iglesia en el siglo XVI, a la luz del Concilio de Trento (1545-1563). Este concilio, estableció la creación de seminarios para que los aspirantes al sacerdocio ministerial tuviesen una digna formación, pues hasta el momento, los candidatos recibían una formación parroquial, monacal, individualizada, en sí muy informal, cada uno según sus posibilidades. A la par de los Seminario Mayores, también surgieron los seminarios menores, colegios seminarios o convictorios, donde los niños y jóvenes con inquietud vocacional, realizaban sus estudios de bachillerato, aspirando a pasar al Seminario Mayor.
En pleno desarrollo del concilio de Trento, se dio la creación de la Diócesis de Popayán el 1 de septiembre de 1546, por el papa Paulo III. Popayán rápidamente acogió las disposiciones del Concilio y en el sínodo de 1617 presidido por el obispo fray Juan González de Mendoza, se estableció la necesidad de crear un seminario, pero no se llegó a ejecutar. Este proceso fue continuamente interrumpido por acontecimientos históricos y tuvo varias refundaciones. El primer intento fue el 23 de abril de 1621, cuando monseñor Ambrosio Mejía Vallejo, estableció un primer seminario, conformado por el sacerdote Pedro Sánchez Trigueros y doce jóvenes candidatos, que fueron instalados en el antiguo hospital de Santa María Magdalena, actualmente sede de la FUP, al lado del templo San José.
El Seminario Menor, tuvo su proceso a la par y sombra del Seminario Mayor. Era necesario acompañar el proceso vocacional de los jóvenes aspirantes al sacerdocio, pero también era necesario un establecimiento que ofreciera educación desde los valores cristianos, a aquellos jóvenes que no aspiraban a ser sacerdotes. En 1641 surge la idea del Real Colegio Seminario, el obispo Francisco de la Serna y Rimaga Salazar, escribió los estatutos, que serían aprobados por el rey Felipe IV, quien emitió le cédula real de creación con fecha del 28 de abril de 1643. El Colegio Seminario quedó nombrado “San Francisco de Asís”, santo patrono del obispo y del gran benefactor, don Francisco Vélez de Zúñiga. La institución inició bajo la dirección de los padres jesuitas.
El Seminario Mayor y Menor, por mucho tiempo fue identificado como un solo cuerpo institucional, esto hace que a veces el hilo de la historia se confunda. Su caminar se entreteje entre vicisitudes ambientales, militares, eclesiales y económicas, también invasiones, terremotos, pandemias, saqueos y expulsiones de los sacerdotes. Todo esto interrumpió muchas veces su proceso de desarrollo, incluso llevaron al cierre de la institución en varias ocasiones. Resaltemos algunos hechos de su larga trayectoria:
En la segunda mitad del siglo XVIII, se educan en los claustros del Seminario, reconocidos personajes payaneses como Camilo Torres, Francisco José de Caldas, Francisco Antonio Zea, José María Cabal, Joaquín de Caicedo y Cuero, Francisco Antonio Ulloa, entre otros. El 1 de enero de 1814 entró vencedor en Popayán con Antonio Nariño el primer ejército de la Independencia. En marzo instaló el Colegio Constituyente bajo la presidencia del presbítero Andrés Ordoñez que era su capellán, pero el clero y las autoridades civiles y la mayor parte de los ciudadanos prefirieron huir; el Seminario es convertido en cuartel.
En 1827 Francisco de Paula Santander funda la Universidad del Cauca y destina muchos de los bienes del Seminario para dicha fundación. En 1855, Pedro Antonio Torres, Obispo de Popayán, reorganiza el Seminario pasando a tener carácter de Instituto de enseñanza secundaria. Fue tanta la acogida del Real Colegio, que tuvo que realizarse la ampliación de las instalaciones. En 1858 el Seminario recibe la facultad de dar grados de bachiller y doctor en ciencias eclesiásticas.
En febrero de 1871, el Seminario pasa a la dirección de la Congregación de la Misión, Padres Lazaristas o Vicentinos. Algunos estudiantes vivían internos y otros vivían en sus casas; unos aspiraban al sacerdocio, mientras que otros deseaban tan solo la formación humanística. Se tomaron serias decisiones: clausurar el externado y destinar el Real Colegio Seminario únicamente a la formación de los futuros sacerdotes ya que la Universidad del Cauca permitía la posibilidad de adelantar estudios superiores.
Monseñor Bermúdez quería dividir su Seminario: en un lugar dejar los niños del Menor y en otro lugar los jóvenes del Mayor. Para esto, en 1874, ofreció a los formadores, el antiguo convento de san Camilo. En 1875, son separados el Seminario Menor y el Seminario Mayor. El primero continuó en los mismos claustros, contiguos al templo de san José, y el segundo en el edificio de San Camilo. En 1894, cada Seminario tenía su propia dirección y formaba una casa aparte.
En 1935, el arzobispo monseñor Maximiliano Crespo Rivera, traslada el Seminario Mayor a la Hacienda Campamento, donde se encuentra actualmente, a la orilla del río Cauca. En 1939, el Reverendo padre Enrique Fourcans, rector de ambos Seminarios, inicia la paulatina construcción en Campamento. En 1942 monseñor Juan Manuel González Arbeláez, resolvió abrir un Colegio internado, en la sede del Seminario Menor.
En 1944 se reorganiza el Seminario dándole carácter completamente eclesiástico, formando allí a los futuros sacerdotes. Se designa a San José como patrono del Seminario en recuerdo del Claustro del mismo nombre donde tuvo lugar la formación sacerdotal durante casi 300 años. En el mes de julio de 1963, la Asociación de exalumnos del Seminario acuerdan fundar el Real Colegio San Francisco de Asís, para lo cual la Arquidiócesis les arrienda el viejo edificio del Seminario. El 4 de octubre del mismo año inició labores y el 30 de noviembre de 1963, por Resolución 587, el Departamento le concedió Personería Jurídica.
En 1970, el Seminario Menor que funciona en Campamento, deja de existir como tal y se convierte en el Colegio Seminario Menor con alumnos internos y externos. En 1979 Monseñor Samuel Silverio Buitrago, mediante decreto N°167 del 1° de septiembre, reabre el Seminario Menor como Colegio de Bachillerato confiando su dirección a los Hermanos del Sagrado Corazón, conocidos como Hermanos Corazonistas.
En el año 2001, al finalizar el contrato que existía con los Hermanos Corazonistas, y siendo Arzobispo Monseñor Iván Antonio Marín López, la dirección del Colegio Seminario Menor fue asumida por los sacerdotes diocesanos, siendo el primer rector diocesano el padre Jorge Ignacio Beltrán Vidal. Hasta hoy, el colegio Seminario Menor sigue dirigido por sacerdotes diocesanos. La Arquidiócesis de Popayán, a través de sus sacerdotes y colaboradores laicos, dirige el Seminario Menor como una Institución Educativa de la Iglesia Católica, enlos niveles de enseñanza Preescolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media Académica, inspirada en los principios de la Escuela Católica, de acuerdo con la legislación educativa del Ministerio de Educación Nacional, fundado en los principios de bienestar general, de solidaridad, el diálogo social, la equidad, en pro de formar personas para la sociedad con una visión incluyente, pluriétnica y multicultural.